温室大棚连续种植蔬菜会导致病虫害危害逐年加重、防治成本增加、种植效益下降，通过合理轮作等措施可减少病虫害发生程度。
大棚种植蔬菜最好是水旱轮作，通过改变生态环境，中断病源和寄主之间的联系，可显著降低土传病害的发生。虽然水旱轮作是非常好的方法，但在实际生产上很少应用。在实际生产中可以采用粮菜轮作，瓜类、茄果类蔬菜与葱、芹菜、甘蓝等轮作，可减轻猝倒病、立枯病、枯萎病、溃疡病等土传病害的危害。
大棚连续种植蔬菜，不具备轮作条件的可以采取高温焖棚+烟熏的方法来降低病虫源基数，减少病虫害发生和危害的机会。具体方法是：上茬作物收获后，及时清除残茬，深翻土壤，将大棚塑料薄膜覆盖、密闭，点燃硫磺、25%腐霉•百菌清烟剂、20%百菌清烟剂、12%哒螨•异丙威烟剂等，焖棚7天左右，利用高温、杀虫剂、杀菌剂来降低虫源基数，同上也能预防多虫病虫害的发生和危害。