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食品加工杀菌主要有以下几种方法：1、热灭菌法：热灭菌法利用高温使微生物细胞内的一切蛋白质变性，酶活性消失，致使细胞死亡。通常有干热、湿热和间歇加热灭菌等法。2、紫外线消毒灭菌：紫外线(UV)是一种高效、安全、环保、经济的技术，能够有效地灭活致病病毒、细菌和原生动物。但是，紫外线会对人体的皮肤、眼睛以及免疫系统等造成伤害甚至引起癌变。同时，紫外线是老年性白内障的致病因素之一。3、臭氧杀毒：臭氧对表面上污染的微生物有杀灭作用，但作用缓慢。而且对人体有害。4、渗透压灭菌：渗透压灭菌利用高渗透压溶液进行灭菌的方法。在高浓度的食盐或糖溶液中细胞因脱水而发生质壁分离，不能进行正常的新陈代谢，结果导致微生物的死亡。5、化学试剂灭菌：大多数化学药剂在低浓度下起抑菌作用,高浓度下起杀菌作用。常用5％石炭酸、70％乙醇和乙二醇等。化学灭菌剂必须有挥发性，以便清除灭菌后材料上残余的药物。
食品加工杀菌可以安装一台小型的DCW次氯酸发生器，这种设备使用盐和水电解生成无毒、对人体无害的次氯酸溶液，次氯酸氧化性好，可以快速、广谱的杀灭各种细菌微生物，使用这种DCW次氯酸给原材料，生产用水，器械设备、人员洗手杀菌，可以保证产品质量，并且盐和水电解生成的次氯酸杀菌后可完全降解，不会产生有害残留。