进口单位凭加工企业的加工能力证明等文件，到海关申请《进料加工贸易手册》，并根据进口合同和加工企业在加工过程中的的损耗等信息，填写《进料加工贸易手册》，经海关审核后，到海关指定的银行缴纳保证金，凭缴纳质保金的银行水单到海关审批《手册》，在货物到港后，凭批准后的《手册》及其它进口报关的所有单据报关清关，在机构完毕出口报关时，连同《手册》一同报关核销，出口后凭出口提单、核销后的《手册》等相关单据，到海关办理退保证金的手续。
进料加工是以保证金的形式作为关税和增值税的担保，因此，正常核销《手册》后，如数退还保证金，即免关税和增值税，因此，不涉及税务局的问题。