1.农产品的成本核算
农产品成本一般由以下一些费用支出项目构成：①固定资产折旧费，如农机具、役畜、生产建筑物的折旧费等；②劳动对象和低值易耗品的费用，如种子、肥料、饲料、农药、燃料、电力、机耕的费用等；③劳动报酬开支；④生产管理费用。
由于农业生产的特殊性，在进行农产品成本核算时，还须考虑农产品成本的空间（地区、地块）和时间（年度）差异性；并须正确规定自产自用产品的估价办法以及不同作业、不同生产项目的共同生产费用和主、副产品费用的分摊办法等。
2.毛利问题
由于农业生产的特殊性，一般情况下，投入前期可能会没有利润，后期利润会逐步递增，直到趋与平稳。农产品成本的降低，是增加农业企业盈利、增加资金积累、实现农业扩大再生产和提高农业劳动者收入水平的重要条件。降低农产品成本的途径包括：采用先进技术，提高单位面积产量和畜、禽产品率，同时提高劳动生产率，节约活劳动消耗；合理施用肥料、农药，合理进行灌溉、播种，以提高技术措施的经济效果，节约原材料消耗；提高固定资产利用率，降低固定资产的折旧费用；合理调整农业生产布局和农业生产结构，从而提高收益。