大棚蔬菜和自然生长的蔬菜营养还是有些不太一样的。 大棚蔬菜是人为控制环境下种植的蔬菜，一般不在正常蔬菜生长季节下种植，主要为了调节蔬菜的供求情况，满足市场需求。蔬菜种植时需要在大棚里调节温度和湿度，也会适当覆膜。在这种条件下，一定有人为的化肥及农药的施用。
一方面，植株养分积累情况和温度光照有着十分密切的关系。一般情况下，冬天设施蔬菜，光照少，光合作用随之减少，呼吸作用时间更长，作物合成的养分减少而消耗的增加，作物生成的营养成分就减少很多，叶绿素、糖分、矿物质、蛋白质自然就没有普通蔬菜的含量高。
另一方面，植株营养与其生长土壤中的水分有着直接的关系。大棚中水分的供应需要专门的渠道及水分管道提供。如果管道设计不好，水分供应不足蔬菜生长就会出现问题，结合化肥的施用可能会导致作物缺水更严重。再者是化肥施用量增加。大棚蔬菜的种植基本不会施用农家肥，操作不方便，化肥自然就成了替代品，且普遍高于正常情况下的蔬菜种植。化肥多了土地容易板结，土壤营养成分退化。化肥一次性施加过多不但会减弱蔬菜种植中需要的养分和水分，更可能出现烧苗的现象，导致蔬菜萎蔫或直接枯死。
蔬菜的营养成分与土壤养分更是密不可分，如果长时期重茬种植，如只种叶菜或只种果菜不仅仅会有土传病害发生，还会使土壤的某些养分严重不足而使蔬菜的营养成分不足。不同蔬菜在生长过程中对不同的元素及养分的需求是不同的，换茬种植有利于土壤及蔬菜生长的健康。