进口单位凭加工企业的加工能力证明等文件，到海关申请《进料加工贸易手册》，并根据进口合同和加工企业在加工过程中的的损耗等信息，填写《进料加工贸易手册》，经海关审核后，到海关指定的银行缴纳保证金，凭缴纳质保金的银行水单到海关审批《手册》，在货物到港后，凭批准后的《手册》及其它进口报关的所有单据报关清关，在机构完毕出口报关时，连同《手册》一同报关核销，出口后凭出口提单、核销后的《手册》等相关单据，到海关办理退保证金的手续。进料加工是以保证金的形式作为关税和增值税的担保，因此，正常核销《手册》后，如数退还保证金，即免关税和增值税，因此，不涉及税务局的问题。
进料加工的报关流程是怎样的
货物集中港区后，发货单位必须向海关办理申报出5261口手续。由发货单位专业持有报关证人员备妥出口货物报关单，连同装货单、发票、装箱单（或磅码单）、商检证、出口结汇核销单、出口货物合同副本及有关单证向海关申报出口，经海关官员检查单证和货物，确认单货相符和手续齐备后，即在装货单上加盖放行章。经海关查验放行的出口货物，方能开始装船。有四个环节：申报、查验、征税、放行
一般在拖柜同时就将报关所需资料交给合作报关行，委托做商检通关换单及出口报关。通常要给报关留出两天时间（船截关前）。委托报关时，应提供一份装柜资料，内容包括所装货物及数量，口岸，船公司，定仓号，柜号，船开截关时间，拖车公司，柜型及数量，本公司的联系人和电话等。