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黄花菜采用分株繁殖在往由于种苗供应紧张，不能满足当前黄花菜生产发展的需要。利用种子繁殖是加快黄花菜繁殖速度的一条重要途径，并且常常用于科研和培育黄花菜新品种。
黄花菜留种植株应选择健壮无病、长势良好、产量高、品质优的良种。在黄花菜采摘中期开始，在优良种株上的每一根花苔上留下4~5个粗壮的花蕾，让其自然开花结果，其他花蕾仍按商品黄花菜采收。多数黄花菜品种在下午开花，开花后结成蒴果，蒴果成熟后呈暗褐色，顶端开裂散出种子，每个蒴果含种子10~20粒不等，种子黑色坚硬。黄花菜从开花到种子成熟需45~60天，各蒴果成熟期不一致，应注意陆续采摘。黄花种子脱粒后充分晾干，贮藏备用。为了保证花蕾正常开花结籽，从开花前两天起到种子初步成熟止，每隔4~6天用0.1%的硼肥或1.5%的过磷酸钙液进行叶面喷施。
黄花菜种子育苗一般在秋季播种，其发芽率可达60~90%。在播种前选择背风向阳、排灌方便的肥沃土壤作苗床，每亩苗床施人粪5~10担，厩肥20~30担，整好厢面后播种，每亩苗床播种量3公斤，可育成幼苗5~6万株。为了促进黄花种子吸水膨胀提早发芽，播种前可用25~30度的温水浸种1~2天后再播种。种子播入厢面后应覆盖一薄层火土灰，并盖一层稻草保湿。苗床应经常保持湿润，以利出苗。
黄花菜种子发芽速度较快，在25~28度的条件下，7~10天便可出苗。幼苗长出2~3片真叶时开始追肥，追肥结合抗旱进行，每亩每次用1~2担人粪尿释稀后浇施，每隔3~5天—次，并逐渐增加施肥浓度。为保证幼苗对各种营养元素的需要，还要适当喷施硼肥和磷酸二氢钾。此外，幼苗阶段要进行多次中耕，以利疏松土壤，防除杂草。中耕的原则是浅和勤，直到移栽为止。
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