种质资源收集时所选用的材料，有的为枝条，有的是种子，还有的是苗木，也可能是其它器官或繁殖体。这要根据种类和品种、收集时间和地点等因素而定。如果收集的材料为种子，则要求种子成熟、充实、饱满、具有高度的生活力；如果收集的材料为枝条，则要求采用长势中等、强壮的枝条，剪去枝条基部和顶部不充实的芽，并要用当地的砧木嫁接繁殖；如果是苗木等繁殖体，要附合其规律和质量等的要求，以保证收集的成功。
资源收集的数量，要根据树种生长习性和营养面积的大小，繁殖的难易，保存的数量来确定，为了对收集的材料进行选择、整理，收集的材料原则上应适当多些。
资源的收集工作必须有专人负责，并详细记载资源名称、收集地点和日期，收集人名称、苗木繁殖年月等项。在收集到种苗或材料后，应立刻进行检疫和消毒，防止霉烂和干枯。
（一）当地种质资源的收集
当地的优良品种或品系，对当地的自然条件有很大的适应性，并有一些突出的优点（如抗性或耐性强等），这类资源较好收集，往往不存在鉴定或生态适应性等问题，只要采用适当的材料（夏芽、带根的压条、插条、萌蘖、休眠接穗等无性系或种子）就地保存即可。但在收集时要根据种质库的容量等条件选择有代表性的种质进行收集。
（二）野生种质资源的收集
为了获取一个属内全部的有利基因，必须收集这个属内每个种的野生植物单株，这些植物往往不能直接食用，但具有许多栽培品种缺乏的抗病、抗虫、抗旱、抗涝、抗寒等抗性遗传基因，多数可作砧木或作为具有潜在利用价值的种质进行收集。
这类种质资源的收集时间以花期或果实成熟期为宜，因此期能对种质资源的花的类型，开花结果习性，果实经济性状等进行鉴定和收集标本。
收集这类种质时应注意某些特定性状、特别是经济性状和抗性。如早熟、矮化习性、抗病虫害性能以及耐不同土壤条件、耐寒及耐热能力等。收集区域应注重种类丰富的遗传多样性中心和经常出现某些特异性状的地区，并尽量收集地理分布、生态分布比较广泛的野生群体，特别是在恶劣的气候条件下依然生存的植株。
（三）外地种质资源的收集
科学地引进外地种质资源，可以丰富本地的资源，是收集落叶果树种质资源的一条重要途径。如我国从国外引进的苹果、葡萄、核桃等现已在我国大面积栽培，并成为重要的果树树种。外地种质资源是指从国内外其它地区引入的果树种质资源，包括简单引种和驯化引种，这类种质资源的收集比较复杂，收集时要进行调查与生态对比分析，然后再确定是引入种子还是无性繁殖体，一般来讲，驯化引种必须收集种子，简单引种可引进接穗或无性繁殖材料。
1.外地种质资源收集前的考察和研究
外地种质资源在收集前，要对生态型、个别生态因子等进行考察和研究。因为同一生态的品种群，多数属于在相似的自然环境和栽培条件下形成的，因此在生育期、抗逆性和适应性等方面具有相似的特点。总体上讲，同一生态地区、不同产地的品种或种在气候适应上具有较多的共性，相互进行种质收集比不同生态型地区间进行收集成功的可能性大。
个别生态因子的研究包括温度、日照、降水和湿度、土壤理化特性和其它生态因子，这些生态因子在“南树北移”或“北树南移”时，往往有某一种生态因子成为主导因子，如在“南树北移”时极端最低温度和冬季旬平均气温可能成为主要限制因子，在种质收集时一定要注意对此进行详细研究。
除对上述生态因子进行研究分析外，还应对收集品种的起源与分布、适应性相近品种在本地区的表现、前人收集实践的经验教训等进行研究。对一些抗性种质的收集，可以从病虫害经常发生的地区收集抗性类型。
2.外地种质的收集方法
（1）可通过调查收集，或通信邮寄进行，也可通过国内、国际间的学术访问、学术交流的机会收集，收集的数量不宜多（3―5株）。
（2）收集时一定要严格遵守检疫和编号登记制度，特别收集抗病虫种质时，千万不要把病、虫的繁殖体一同带进，否则后果不堪设想。
（3）收集后的外地种质要进行中间繁殖，多点试验，再进行大规模推广。
（4）对生态适应型以外的种质收集，宜采用种子（大量）多代连续驯化和逐代迁移驯化法进行逐步收集。
