现代分类法：
工业化程度：农家肥和商品有机肥
加工工艺不同：商品有机肥、生物有机肥、有机-无机复合肥
发酵处理不同：厌氧发酵有机肥、好氧发酵有机肥
发酵原料不同：秸秆有机肥、豆粕有机肥、牛粪有机肥、羊粪有机肥、家庭自制堆肥等等
主要特点：
农家肥：传统农家肥施肥历史可追溯到殷商时代，相传伊尹创造区田法，使用农家肥可以增产之说。包括人粪尿、家畜粪尿、食类、海鸟粪、蚕沙等；各种饼肥和精渣肥；有动物性海肥、植物性海肥、矿物性海肥；有冬季绿肥、夏季绿肥、水生绿肥、多年生绿肥、野生绿肥；有草炭、褐煤；有熏土、坑土、硝土、垃圾、烟筒灰、肥泥、草木灰等。可谓是种类繁多，印有尽有。
由于生产条件和工业化程度，区别于商品有机肥。
商品有机肥：商品有机肥从传统模式转变成工厂单元，其规模和生产力有了飞速提升。
其特点：
提高土壤有机质含量。经常施用有机肥能明显提高土壤有机质含量，有利于维持土壤有机质的稳定，改善土壤的理化性状。
促进土壤团粒结构的形成。土壤有机质、碳酸钙和多糖类物质对土壤结构的稳定性有良好作用。施用有机肥比施用厩肥更能增加土壤有机质的含量，尤其是能产生较多的五碳糖、六碳糖和多糖。这特别有利于水稳性团粒的形成，如使大于0.25mm的水稳性团粒明显增加。
提供养分。有机肥中含有作物需要的各种养分，有机肥的使用能明显提高耕层土壤中养分，尤其是钾的含量。1995年农业部对全国12个省份耕地的调查，耕地中磷含量较之1990年以前有所增加，而缺钾和缺微量元素的耕地面积却有所扩大，因此大力提倡秸秆还田有利于部分归还土壤钾素。
调节土壤的氮素供应。微生物在分解C/N大的秸秆初期，要从土壤中吸收氮素组成自身的体细胞，导致土壤氮素的生物固定，起到了暂时保存氮素的作用。当微生物死亡后，这部分氮又分解释放。此外，有机肥的施用增加了土壤中的能源物质，也有利于生物固氮，有机肥料中的有机质含量可达30%左右，相关资料显示，每氧化1.0g碳素释放的能量，可供固氮微生物固定10~40mg氮素的需要。
提高土壤微生物和土壤酶的活性。施用有机肥后微生物的数量明显增加，距离施有机肥处近的土壤尤为明显，这对加速有机态养分的释放，活化土壤中的养分有良好的作用。此外，有机肥还能减少某些作物的病害。
有机肥在农业生产中施用所显示的优点还包括：
1、营养平衡，促进作物生长，增产明显，肥效高；
2、改善农产品品质；
3、抑制病原菌，减轻病虫害；
4、疏松、改良土壤，减少土壤中硝酸盐的污染；
5、增加作物对水分的吸收、增强作物抗旱及抗倒伏能力；
6、经过科学的管理，可使种植的农作物达到国家绿色食品用肥标准“A级”或“AA级”。
关于其他的有机肥，主要是区别其原料不同，工艺不同。如牛粪有机肥、鸡粪有机肥，羊粪有机肥等等，其原料决定了营养特质。
举例说明：牛粪有机肥纤维丰富，能够很好改善土壤板结情况，蓬松土壤；鸡粪有机肥可成为种植作物的优质基肥，或在种植果树中常作为冬季施下全年利用的基肥。
有机肥 有机肥：主要指各种动物和植物等，经过一定时期发酵腐熟后形成的肥料（其中包括经过加工的菜籽饼，是没有异味的）。 有机肥含有大量生物物质、动植物残体、排泄物、生物废物等物质、施用有机肥料不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分来源。 堆肥 以各类桔秆、落叶、青草、动植物残体、人畜粪便为原料，与少量泥土混合堆积而成的一种有机肥料。 沤肥 沤肥所用原料与堆肥基本相同，只是在淹水条件下进行发酵而成。 厩肥 指猪、牛、马、羊、鸡、鸭等畜禽的粪尿与秸秆垫料堆沤制成的肥料。 沼气肥 在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣。 绿肥 利用栽培或野生的绿色植物体作肥料。如豆科的绿豆、蚕豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科绿肥有黑麦草、肥田萝卜、小葵子、满江红、水葫芦、水花生等。 作物秸秆 农作物秸秆是重要的有机肥之一，作物秸秆含有作物所必需的营养元素有N、P、K、 Ca、s等。在适宜条件下通过土壤微生物的作用，这些元素经过矿化再回到土壤中，为作物吸收利用。 饼肥 菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等。 泥肥 未经污染的河泥、塘泥、沟泥、港泥、湖泥等。 现在，随着科学技术的不断发展，通过有益菌群的人工纯培养技术，采用科学的提炼，可以生产出多种多样不同品种的生物有机肥，它能改善土质、减少环境污染、增肥增效等。生物有机肥将是未来农业生产用肥的主要发展趋势。
