一、百菌清和多菌灵的区别：
百菌清为广谱保护性杀菌剂，化学性质稳定，无腐蚀作用，对人畜低毒，对鱼类毒性大，主要防治多种真菌性病害，但对土传腐霉属菌所引起的病害效果不好，对多菌灵产生抗药性的病害，改用百菌清防治能收到良好的效果。多菌灵为内吸性杀菌剂，对热稳定，对酸、碱不稳定，兼有保护和治疗作用，内吸传导主要是向顶型，对人、畜、鱼、蜜蜂低毒，在土壤中易分解失效。所为内吸剂，就是该药剂能被作物吸收到体内而不失效，能对植物体内的病原菌发生作用，这种药剂也称化学治疗剂，一般用于发病的植物，但大多数内吸剂也兼有触杀的作用。多菌灵就属此类。所为触杀剂，就是杀菌剂沉积在植物表面上与病原菌发生接触时杀灭或抑制病菌，这种药剂或者不能被植物吸收或者被植物吸收后立即分解失效，对植物体内的病菌不发生作用。百菌清就属此类。
二、多菌灵：
市场销售的多菌灵，多为50%的可湿性粉剂和40%的胶悬剂。不论哪一种剂型都应选用优质产品，还要注意产品的有效期，生产日期为一年以内的最好，超过这个期限的应酌情增加用量，完全失效的杜绝使用。
多菌灵对毛霉、根霉的防治效果较差，在使用多菌灵时应适当提高培养料的PH值，以抑制毛霉、根霉的生长。由于多菌灵耐高湿，使用时最好将培养料进行发酵、高温灭菌处理，以杀灭霉菌。银耳、木耳、猴头菇对多菌灵特别敏感，要避免使用。
用多菌灵拌料，应严格控制药液的浓度，一般用含量为50%的粉剂，以占料干重的 0.1%即可杀死和抑制杂菌生长；若加大用量，不但成本增加，还会影响菌丝生长，导致污染。拌料时，要先把药剂溶入足量水中搅拌均匀，拌入料后还要拌匀，以免发生点片污染。多菌灵在碱性环境中容易分解失效，因此拌料时不能同时使用石灰，更不能把多菌灵、石灰混合液久置。另外，多菌灵易使杂菌产生抗药性，所以应避免长期使用，可交替使用其他杀菌剂。
百菌清是一种非内吸性广谱杀菌剂，对多种作物真菌病害具有预防作用。能与真菌细胞中的3-磷酸甘油醛脱氢酶发生作用，与该酶体中含有板胱氨酸的蛋白质结合，破坏酶的活力，使真菌细胞的代谢受到破坏而丧失生命力。百菌清的主要作用是防止植物受到真菌的侵害。在植物已受到病菌侵害，病菌进入植物体内后，杀菌作用很小。百菌清没有内吸传导作用，不会从喷药部位及植物的根系被吸收。百菌清在植物表面有良好的黏着性，不易受雨水等冲刷，因此具有较长的药效期，在常规用量下，一般药效期约7～10天。