一、棚室消毒
大棚内温暖、湿度较大，适合于多种病原生物的繁殖和害虫越冬，经过2年以上的生产后，病虫害的种类增多，而且逐年加重，必须对棚室进行消毒。一是采用硫磺熏蒸法。密闭大棚数日后，选晴天进行，每立方米空间用硫磺4克，锯末8克，于晚上7时，每隔2米距离堆放锯末，摊平后撒一层硫磺粉，倒入少量酒精，逐个点燃，24小时后放风排烟。这种方法消毒效果好，取材容易，成本很低。也可用百菌清等烟熏剂消毒，每隔7―10天烟熏1次，连续3次以上，效果显著。可用45%百菌清烟熏剂或30%速克灵烟熏剂或百菌清和速克灵混合烟熏剂，对灰霉病为主的病害防效显著。烟熏剂的剂量为每立方米空间0.2―0.3克。每亩用量：30%速克灵熏烟剂300―500克，45%百菌清烟熏剂200― 250克，均匀放置后，分别点燃，随即密闭烟熏2― 3小时。
二、大棚骨架及辅助设施消毒
对大棚骨架、营养钵等育苗器具、生产工具等可用1―2%福尔马林水溶液均匀喷洒或洗刷后密封消毒，或用敌克松（浓度为30毫克/升）液消毒。
三、土壤消毒
对土壤进行消毒是控制土传病虫害的重要措施之一，已逐渐为广大菜农所接受。而消费者对无公害农产品、绿色食品甚至有机食品的追求，也对药剂防治提出了更高的要求。因此，在开展大棚土壤消毒时，必须更多地依靠农业防治、物理防治、生态防治等综合防治措施。土壤消毒的方法有多种，目前主要采用的有以下几种：
1.高温闷棚
一般在7月上旬至8月下旬进行。用大棚膜和地膜进行双层覆盖，严格保持大棚的密闭性，在这样的条件下处理，地表下10厘米处最高地温可达70℃，20厘米深处地地温可达45℃以上，这样高的地温杀菌率可达80%以上。大多数病菌不耐高温，经过10多天的热处理即可被杀死。如一些立枯病病菌，黄瓜的菌核病病菌、黄瓜疫病病菌、茄子黄萎病病菌等都不太耐高温；但是也有的病菌特别耐高温，如根腐病病菌、根肿病病菌和枯萎病病菌等一些深根性土传病菌，由于其分布的土层深，必须处理30-50天才能达到较好的效果。因此，进行土壤消毒时，应根据棚内所种作物及其相应病菌的抗热能力来确定消毒时间。高温闷棚对不超过15厘米深的土壤效果最好，对超过20厘米深的土壤消毒效果较差，因此，土壤消毒后最好不要再翻耕，即使耕翻也应局限于10厘米的深度。否则，会将下面土壤的病菌重新翻上来，发生再污染。高温闷棚能大幅度降低田间的病菌密度，大大减少作物发病的机会。对有根结线虫的大棚，闷棚后在用底肥时，每亩可用阿维菌素有机肥或克线蛆菌有机肥400公斤。可以基本上消除根结线虫的为害。
2.使用土壤消毒剂。
一是溴甲烷。使用前清除残存秸秆及根系，深翻土壤至少30厘米，施好底肥，打碎大土块，保证土壤20厘米深处温度至少在8℃以上，温度越高，熏蒸作用越强。处理时搭小拱棚，栅膜要盖严。一般每亩用药40公斤，每13平方米放1罐药，药罐下垫一小块塑料布，施药时将药罐卡于开罐器上，隔着覆盖的棚膜，溴甲烷呈液态泻出于下垫的塑料布上，几分钟后气化。使用溴甲烷一定要谨慎，通风期间严禁农事操作，熏蒸期要达到15天左右，揭开薄膜通风 30天以上才可种植。由于溴甲烷对病菌、杂草、线虫、昆虫和螨类等均有效，并且使用溴甲烷对黄瓜、番茄有明显的增产效果，目前使用较为广泛。
二是棉隆。棉隆是一种低毒的土壤消毒剂，相对于氰氨化钙和溴甲烷来说更安全。棉隆在潮湿的土壤中会产生异硫氰酸甲酯气体，迅速扩散至土壤颗粒间，有效杀灭土壤中各种线虫、病菌、地下害虫及杂草种子，从而达到清洁土壤、疏松活化土壤的效果。使用方法：土壤施好底肥后深翻（约30厘米）整平，浇水保湿3―4天，待土壤湿度在40-60%时（土手捏能成团，1米高掉地后能散开），用旋耕机旋耕。然后将棉隆均匀地撒在地表，每亩用药20―30公斤，施药后立即用塑料布覆盖。棉隆分解产生的气体比空气轻，要确保塑料布没有破损，不能用地膜等太薄的塑料布，且四边用土压实，密封好。密封期保证在12天以上，结束后揭去塑料布，通风1星期后取土做发芽试验，确保安全后才可进行育苗。
三是石灰氮。石灰氮（氰氨化钙）是一种高效土壤消毒剂，具有消毒、灭虫、防病的作用，选择夏季高温、棚室休闲期使用，每亩用麦草（或稻草） 1000-2000公斤，撒于地面；再在麦草上撒施石灰氮50-100公斤，深翻地20-30厘米，尽量将麦草翻压地下层；做高30厘米、宽60-70厘米的畦；地面用薄膜密封，四周盖严；畦间灌水，且要浇足浇透；棚室用新棚膜完全密封；在夏日高温强光下闷棚20-30天。闷棚结束后将棚膜、地膜揭掉，耕翻、晾晒，即可种植。石灰氮在土壤中分解产生单氰胺和双氰胺，这两种物质对线虫及其他土传病害有很强的杀灭作用。同时石灰氮中的氧化钙遇水放热，促使麦草腐烂，有很好的肥效。夏季高温，棚膜保温，地热升温，白天地表温度可高达65-70℃， 10厘米地温高达50℃以上，这样可以有效杀灭土壤中各种病虫害和杂草。在对棚室进行完消毒处理以后，棚室内的有害病原得到了有效的控制，这时要防止病原菌的再度传入，同时要及时增施生物菌肥，以增加土壤内的有益菌群，在使用了生物菌肥的棚室内，一定要注意定植时不要再使用药剂，以免使用的药剂会杀死有益菌，造成不必要的浪费。
四是其他药剂门以土壤传播侵染的病害有黄萎病、青枯病、枯萎病。防治这些病害，可在定植前半个月，沿畦沟浇福尔马林100-200倍液，然后用聚乙烯薄膜覆盖并密封5天。一星期后，在药剂全部挥发后方可定植。也可用50%的多菌灵、50%托布津、75%敌克松1000倍液、双效灵、抗枯灵300倍液浇洒土壤。防治线虫、昆虫、部分草籽、轮枝菌及其他真菌，可用喷射器向土壤中喷射氯化苦，每立方米土壤（或营养土）施入150毫升，用塑料薄膜等覆盖密封3天，处理后经较长时间风干后方可使用。对疫病、霜霉病比较严重的棚室，可以用 0.5公斤的硫酸铜对水100-150公斤浇洒土壤消毒。
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