危害主要有下列几种情况：
(1)急性危害 食品被大量致病微生物及其产生的毒素或化学物质污染后，随食品进入人体，在较短的时间内造成人体中毒。由于中毒原因不同引起的临床表现也不同，一般都伴有急性胃肠道症状或神经系统症状，严重者会因心脏功能衰竭而死亡。
(2)慢性危害 食品被某些有害物质污染，其含量虽少．但由于长期连续通过食品进入人体，在人体内不能完全排出，并不断蓄积起来，经过几年甚至十几年，当达到一定的中毒剂量时就发生中毒症状，这种经过相当长时间才能显露出来的危害称为慢性危害。由于食品中引起慢性危害因素不易被发现，原因较难查清，因此通常比急性危害还大，更应引起重视。
(3)远期危害致癌。近年来流行病学资料表明，癌症发病率逐年上升。据推测．人类癌症由病毒等生物因素引起的不超过5％，放射性等物理因素引起的仅在5％以下．而由化学物质引起的占90％，其中与饮食有关的因素占35％。